Obsłudze supermarketów sieci Piotr i Paweł  służą dwa centra logistyczne. Od 2008 roku w Gądkach pod Poznaniem działa nowe Centrum Logistyczne „Piotra i Pawła”, którego zadaniem jest zaopatrywanie supermarketów w najświeższe owoce, warzywa, a także artykuły suche i przemysłowe.

 W magazynie o powierzchni 25 000 m² przechowywanych jest ponad 12 500 pozycji asortymentowych produktów spożywczych, chemicznych
i przemysłowych oraz około 1 800 pozycji asortymentowych świeżych: ok. 250 pozycji owoców i warzyw oraz 1 550 produktów nabiałowych. 

We wrześniu 2010, pod wpływem rozwoju sieci, powstał drugi magazyn logistyczny, w Błoniach, o powierzchni 5 600 m2, obsługujący supermarkety w zakresie produktów świeżych ( 1 800 pozycji).

Oba centra logistyczne służą obsłudze supermarketów i pomagają uzyskać efekt skali w negocjacjach finansowych z dostawcami.